Podría ser que en su profunda fidelidad a Darwin, la obra de Cordón haya sufrido un eclipse como el que afectó al darwinismo durante las últimas décadas del siglo XIX y las primeras del XX
Faustino Cordón no dejó de trabajar a contracorriente hasta el final de su vida activa, al margen del sistema científico-técnico oficial, primero como miembro del exilio interior, durante el franquismo, y más tarde por su condición extraacadémica y su posición radicalmente crítica con la biología contemporánea.
Cordón no dejó nunca de reflexionar sobre el contexto social y político de la ciencia. Identificó siempre el marco más general y abarcador del pensamiento científico con el materialismo dialéctico, y el origen y la evolución del ser humano con el materialismo histórico